除合約的陷阱外，資金回收及經營管理是加盟主需承擔的最大風險。許多準加盟主滿懷期待地加入加盟體系，加入后才發現有許多問題在加盟前沒有想清楚；或者是雖然已知道問題所在，卻因自認容易解決而不予理會。這些問題一旦成為事實，往往變成加盟主的痛處，一切木已成舟，加盟主只好順應事實。
　　
　　與傳統商業模式相比，特許經營已經降低了風險。但盡管如此，特許經營還是存在一定的風險。這種風險是由于兩個市場主體通過契約形式組織起來運作同一個品牌而產生，所以，其風險也必然存在于合作雙方。
　　
　　對于特許方來說，其承擔的風險主要包括：
　　
　　1．品牌價值損失。常見的情況是，加盟方沒有按照特許方規定運營，降低了服務的質量和水準，或者繞開特許總部的營銷體系，從其他供應商處獲取低質量的產品來銷售。顯然，這種情況損害的是特許方的品牌價值。
　　
　　2．核心技術、管理模式和知識產權的流失。加盟方以特許加盟的方式獲取技術、管理、秘方等商業秘密，而后出賣泄露給第三方或終止特許合同，自己獨立經營來牟利。實質上是直接攫取了特許方的無形資產。
　　
　　3．在以銷售額或營業額確定特許使用費時，隱瞞銷售額或營業額。實質上是侵占特許方無形資產的合法收益。
　　
　　4．加盟方鬧獨立。加盟方在獲取經營經驗以后，不愿意向總部交納特許使用費、要脫離特許體系，實際上對特許方來說，也是一種隱性流失。
　　
　　對于加盟者來說，其承擔的風險則主要有：
　　
　　1．資產損失：加盟方先投入資金開始經營之后，在特許經營過程中遇到障礙或者中止合同時無法退出，資產面臨不能回收的問題。資產的專用程度越高，投入后的回收性就越低，風險就越大。當資產專用性很高時，這種不利地位，可能被特許方利用，受到特許方的挾制或者欺詐。
　　
　　2．經營風險：如果特許方不能提供較多的經營方式予以支援，加盟方則可能在投資后難以獲得預期收益，出現經營虧損等問題。
　　
　　歸納起來，目前許多特許企業出現的問題主要有三類：第一，特許總部管理跟不上；第二，特許方控制不了受許方；第三，雙方各種欺詐活動。
　　
　　要規避這些風險，需要雙方在合作伊始就要加強了解，并且對于可能出現的問題以及雙方應承擔的權利和義務在簽訂合同時予以確定。
　　
　　以下提供幾個評估方法供讀者參考。
　　
　　1．實地觀察
　　
　　最好是找數家正在經營的店，以條件相同或近似于準加盟主的為佳，以其實際投入的金額及目前營運的回收狀況作為參考，并當面請教該加盟主一些實際遇到的問題，并記錄下來，仔細想想這些問題應該如何解決以及自己是否有能力面對它。
　　
　　2．建立一套精確的計算標準
　　
　　切勿采用“大數法則”作為衡量的標準。例如折舊攤銷年限，因為不同資本或資產的投入，有不同的標準；不同的材質，亦有不同標準。又如機器設備類可列五年攤銷，而房屋分為自有及租用，通常因不同行業有不同的攤銷方式；如果是流行性強的行業，像服飾業，裝潢攤銷的年限則應考慮改裝的時限，有些是一年兩次或以三年來計算皆可；而其他流行性不強的行業，可用三年來設定年限。另外，房屋分為磚造、木造，其各有不同的年限攤銷標準，這些都可以從政府所頒布的各項資產、資材使用攤銷年限規定中了解。
　　
　　當然，你的會計師也很清楚這些規定，這些并不是用來應付審查，身為出資者的加盟主若不清楚這些，很可能到了年終結算時，才發現自己做了一年的糊涂工，不知道賺或賠了多少。
　　
　　另外清楚地使用會計科目來分類、區別開辦費及各項費用也很重要。它使加盟店在做損益分析時，可以清楚地得出結果。千萬不要使用只有自己看得懂的科目或歸類方式，除非從一開始你便自己記賬，另外，可以借助信息系統或專業人員進行管理與控制。
　　
　　3．正視自己的缺點
　　
　　如果你發現到回收太慢或困難時（以數據統計而言），就要檢討自己的心態，是否對回收的預估過于樂觀。其實，一家店在正常經營下，若第一年結算能打平，第二年略有成長，第三年真正回收開始，且營業績效呈上揚曲線，這樣的結果就可以投資。所以三年回收是一般正常營運的結果。
　　
　　不同的業別有不同的回收標準年限，如時下流行的珍珠奶茶店，若地點合適、有足夠的消費群，回收年限自然可縮短。不過不是每個人都如此好運，所以事前必須預估投資及回收期；而周轉資金、營銷費用的運用及控制也應計入。