上述費用可以分為加盟店開業前交納的前期加盟費用及開業后運作時交納的后續加盟費用兩大類。前期加盟費用包括了總部招募、評估、培訓、尋找地址等全部費用，在有些情況下，它還包括了特許體系不斷成熟和商譽提高而增加的特許權費用。如何確定前期加盟費用水平，有人認為應盡可能降低前期費用以便加盟者的開辦費用能降至最低；另一些人認為應定得高些，因為前期費用是總部獲得收益的重要來源，這樣總部可以立即獲得大量現金收入和利潤，并解決了業務經營所面臨的問題。其實，特許經營與其他業務一樣，都需要經過一定時期發展才能開始盈利，這一時期大約為3－5年，總部必須籌備足夠的資金以維持盈利前的經營，所以，想在短期內通過加盟金解決總部資金上的困難是不現實的。一般情況下，前期加盟費用占加盟者全部投資的5％—10％，例如，如果開辦一家特許加盟店的投資是50萬－６０萬元，則前期的特許加盟費在2．5萬—6萬元之間，當然，對于那些聲望較高利潤也較高的特許總部來說，這筆費用可能高于5％—10％。
　　
　　后續加盟費用是加盟者開業后每隔一定時期都必須支付的，有的按月支付，有的按年支付，它包括總部對加盟店的管理服務費用和廣告費用等，一般按收人的百分比提成，也有的確定一個固定費用。確定固定費用盡管能保持總部的收入水平不致下降，但若考慮到通貨膨脹因素和將來的發展，這種方式還是有很大弊端，且加盟者都不愿接受，因為他們對將來的經營業績沒有把握，擔心所獲利潤會小于加盟費用。而采用按收入的百分比提成，雙方都更容易接受，加盟者很精確地知道他該付多少錢，如何去計算這個數額，且是在有收益的基礎上支付，沒有后顧之憂，另外總部的收益直接與加盟店的業績掛鉤，因而會不遺余力地給予全力支援；而總部也可以從加盟者的業務發展中獲利，并避免了通貨膨脹因素的影響。
　　
　　分析后續加盟費用是否合理，主要的參考依據是加盟店的盈利能力，一家加盟店在一年內能賺取多少利潤是最重要的影響因素。由于不同行業有不同風險，不同的總部也有不同的加盟風險，在此我們只能用一個最常見的風險程度來分析。在香港，目前加盟一家特許商店的投資總額大約為55萬～６０萬港元之間，在中國內地，開設一家加盟店的投資總額普遍在50萬元左右，當然，這里面只包括了前期加盟費，還未包括后續加盟費。如何判斷加盟費用是合理呢？如果以目前中國經濟形勢來看，零售業的投資回報率在30％左右是比較合理的，這樣我們就可以計算出每年合理的投資回報金額，再計算所得利潤。計算公式如下：投資總額x30％＝每年投資回報金額＝每年預期利潤+加盟費即：加盟費＝投資總額x30％—每年預期利潤根據上面公式，我們可以在不同的投資總額上，在預測不同利潤水平上計算出合理的加盟費，同樣，我們也可以在確定加盟費的基礎上計算投資者期望得到的利潤水平。