六、各種費用及支付方式
　　
　　根據原國內貿易部《商業特許經營辦法（暫行）》第十四規定，特許者向被特許者收取下列費用：
　　
　　第一、加盟金，即特許者在將特許經營權授予被特許者時所收取的一定的費用。如某特許經營合同規定：“本合同訂立前，乙方必須向甲方一次性繳納特許經營加盟金五萬元。
　　
　　第二、特許權使用費，即被特許者在使用特許經營權的過程中按一定的標準或比例向特許者定期支付的費用。根據一九九七年財政部《企業連鎖經營有關財務管理問題的暫行規定》第十六條的規定，加盟店根據合同，按不高于銷售額3%的比例支付各特許者的與其生產經營有關的特許權使用費，計入管理費用。如某特許經營合同規定：“在合同有效期內，乙方應按特許企業總營業收入的3%按月向甲方繳納特許經營權使用費”，“自特許企業開業之日起，乙方應在每月結束的五日內，將該月的特許經營權使用費匯至甲方指定賬戶”。
　　
　　第三、保證金，即為確保被特許者履行特許經營合同，特許者可要求被特許者交付一定的保證金，合同到期后保證金應退還被特許者。保證金可以促使被特許者忠實履行合同。如被特許者違約，特許人可用保證金充抵特許經營權使用費和違約金。如某特許經營合同規定：“本合同訂立前，乙方應向甲方繳納十萬元保證金，合同期滿后甲方將保證金退還乙方，若乙方拖延繳納特許經營權使用費，甲方有權用保證金充抵。乙方收到充抵通知后，必須在五日內將保證金補足。若乙方不能按期補足保證金，甲方有權終止合同并不再退還保證金”。
　　
　　第四、其他費用即特許者根據特許經營合同為被特許者提供相關服務-并收取的相應費用。如特許人派出專業技術管理人員的費用、廣告費的分攤、店面設計費、專項指導服務費、委托代理費等等。這部分費用通常在特許經營合同之外單獨約定。
　　
　　實踐中，特許者可收取上述費用的一種或幾種，具體金額可根據實際情況進行約定。
　　
　　七、保密和限制競爭條款
　　
　　特許經營合同的核心是無形資產的使用，其中對經營訣竅、技術機密等的保密問題十分重要。因此特許經營合同都有保密條款。如某特許經營合同規定：“乙方（被特許人）及加盟店應將《手冊》及為履行本合同所制定或批準的其他資料所含內容列為機密，并使其處于保密狀態。未經甲方（特許人）事先書面同意，乙方及加盟店不得復制、記錄或以其他方式泄露給他人。乙方及加盟店承諾在整個合同期內和合同期滿后十年內，不將其所知悉的任何保密的知識、經營方法等向其他個人、組織、公司透露。
　　
　　特許經營最大的弱點就是容易制造出業務的競爭者，為了防止被特許者學到企業的經營訣竅和技術機密后獨立開展特許經營業務，特許人往往在特許經營合同中規定限制競爭條款。如某特許經營合同規定；“被特許者承諾在本合同有效期屆滿后十年內，被特許者不得從事與甲方（特許人）業務有競爭性的經營活動。”
　　
　　八、特許經營中加盟店的轉讓問題
　　
　　加盟店的好壞不僅關系到加盟者的切身利益，而且關系到加盟體系的成敗。因此特許人對申請加盟者需要進行甄選，只有經過考核合格的申請者才能獲準進入特許經營體系。所以，特許人不允許被特許者擅自轉讓加盟店。對此，特許者應在合同中明確合同轉讓的條件，申請加盟者要有充分的思想準備，在確定是否加入特許經營體系時要充分考慮不易退出特許體系這一點。如某特許經營合同規定：“未經特許總部的書面同意，乙方（被特許者）不得擅自將加盟店轉讓給別人。否則，甲方（特許人）有權解除本合同，并追究乙方的違約責任。”
　　
　　九、特許經營門店租賃期限和總部轉租權約定的問題
　　
　　由于加盟店經營的好壞關系到整個特許經營體系的利益，一旦一個加盟店經營不善關門歇業，整個特許經營體系的聲譽和形象將受到影響。在這種情況下，特許總部總是要力圖接管該加盟店，使其盡快恢復經營。但是，對于一些投資大且必須在繁華地段開業的加盟店，總部的接管有時會遇到門店的租賃問題。
　　
　　如某西式快餐店特許經營企業在南京有一家加盟店，開業的時間是九八年底，被特許者的門店租賃期十年。開業后，由于被特許者沒有經驗，加上沒有投入足夠的精力進行經營管理，因此經營情況不理想。經協商，被特許者同意由總部接管該加盟店，總部擬將該店的經營權授予另外一個申請被特許者，但這涉及到門店的轉租問題。由于房價上漲等原因，原房東堅決不同意加盟店的接管者繼續承租原門店，而有關法律規定轉租必須經房東同意，致使總部被迫放棄接管該加盟店的計劃，特許經營體系在該地區的形象和聲譽受到了一定的影響。其實這種狀況是可以避免的。做法是：在被特許者與房東簽訂門店租賃合同時，總部可以作為第三方介入，簽訂一個三方合同。在合同中規定，如被特許者經營不善或其他原因需將加盟店交給總部接管時，在合同規定的承租期限內，被特許者有轉租權，總部或其同意的其他組織或個人享有承租權。
　　
　　十、違約責任
　　
　　對違約責任的規定有利于督促雙方認真履行合同，有利于在發生糾紛時解決糾紛。因此制定詳細的違約責任條款具有一定的意義。如某特許經營合同規定：“合同一經簽訂，雙方不得以任何理由違約，如因乙方違約給對方造成經濟損失，違約方應根據造成損失的程度支付十萬元以上的違約金”。又如：“乙方（被特許者）違反合同規定發生下列情況之一時，甲方有權解除合同，并要求對方支付違約金和賠償金：
　　
　　1、未經甲方允許擅自擴大許可商標的使用范圍，或與其他商標組合使用；
　　
　　2、未經甲方允許將許可商標再許可他人或轉讓、出借、轉賣他人制作或使用；
　　
　　3、自行制作或使用與許可商標相似或變形的商標；
　　
　　4、降低加盟店的服務質量或產品（商品）質量，發生被輿論工具曝光或消費者嚴重投訴等情況；
　　
　　5、加盟店不按合同規定支付特許經營權使用費；
　　
　　6、不接受甲方依據管理規定進行的監督、或阻止甲方進行檢查；
　　
　　7、擅自變更本合同規定的權利義務；
　　
　　十一、合同的終止和糾紛的處理方式
　　
　　特許經營合同的期限一般較長，在合同有效期內如出現一些意外情況，雙方約定可以提前終止合同。如某特許經營合同規定本合同在下列條件下自動終止：
　　
　　1、乙方或加盟店遭受嚴重虧損而無力或不可能繼續經營；
　　
　　2、乙方或加盟店破產、無償還能力或開展清算程序；
　　
　　3、乙方財產的主要部分被法院強制執行；
　　
　　4、乙方解散。
　　
　　關于糾紛的解決需要注意的是：特許經營合同的履行是一個長期的過程，出現糾紛是很正常的事情。特許雙方的利益既有對立的一面，也有統一的一面。因此一旦糾紛出現，雙方應該彼此真誠的交換意見，盡量通過協商解決糾紛，這樣對雙方都有利。如協商不成，可通過訴訟或仲裁解決。如某特許經營合同規定：“在本合同執行過程中，雙方如有意見分歧，應協商解決。協商不成時，任何一方均可申請xx仲裁委員會仲裁。該裁決為終局裁決，對雙方均有法律約束力。